In octombrie 2005, Fiscul a pus sechestru asiguratoriu pe averea lui Becali si pe actiunile detinute la Steaua Bucuresti SA, pentru a recupera datoriile fostului club Steaua catre bugetul de stat, in valoare de 416,7 miliarde lei vechi. In noiembrie 2005, Judecatoria Sectorului 3 a decis sa ridice sechestrul asiguratoriu pe bunurile lui Gigi Becali. Un alt caz, pe care, potrivit "Evenimentului zilei", procurorii l-ar fi ingropat, este cel in care patronul Stelei si partenerul sau de afaceri, Teia Sponte, erau acuzati de prejudicierea fostului IAS Mogosoaia. Pe 6 iulie 2005, Becali a fost cercetat in acelasi dosar cu Victor Becali, fiind invinuiti de spalare de bani. In mai 2006, procurorul Dan Voinea a redeschis dosarul schimbului de terenuri dintre Becali si MApN, el fiind acuzat de complicitate la abuz in serviciu, abuz pe care l-ar fi savarsit ex- ministrul Apararii, Victor Babiuc. Becali a mai fost chemat, la sfarsitul lui septembrie 2007, la DNA, cand le-a promis jucatorilor Gloriei Bistrita, la finele sezonului 2005-2006, ca ii va premia cu o suma de bani daca vor reusi sa bata con�tracandidata la titlu a Stelei din acel moment, Rapid. Pe 8 mai 2008, DNA a inceput urmarirea impotriva lui Becali, el fiind acuzat de dare de mita pentru ca ar fi vrut sa ofere bani jucatorilor de la "U" Cluj, pentru ca acestia sa castige meciul cu CFR Cluj. El a fost trimis in judecata alaturi de alti cinci inculpati, in dosarul "Valiza". Un alt caz nerezolvat este Leoser Popesti-Leordeni, in care clanul Becali a pus mana pe serele din localitate si ii impiedica pe proprietarii de drept-deposedati de comunisti - sa-si foloseasca bunurile castigate in instanta.