Protestele au aparut imediat la primele zvonuri ca mitropolitul Atanasie Anghel ar fi acceptat uniatismul si au continuat pe tot parcursul secolului al XVIII-lea. Uniatii au daramat vechi biserici ortodoxe, iar cand nu reuseau sa convinga cu amenintari recurgeau la sprijinul soldatilor austrieci pentru a pune mana pe bisericile ortodoxe - asa cum a fost cazul bisericii Sfantul Nicolae din Fagaras. In interiorul bisericii greco-catolice se dadeau lupte aprige pentru functia de episcop - de exemplu intre 1713 - 1723 din cauza certurilor nu a putut fi numit un episcop, la fel si intre anii 1727-1732.
Proteste vehemente
Pater Ianos, negustor din Sibiu, ii trimitea lui Atanasie Anghel la inceputul anului 1701 o lunga scrisoare in care ii reprosa cedarile in fata presiunilor austriece si il ruga sa reziste: "Care lucruri le ascunzi Sfintia Ta de noi, cesti prosti, sa socotesti ca de cunoscatorul inimilor, Dumnezeu, nu le vei putea ascunde. Sunt jidovi aici in Ardeal si altii cari nu cred in Hristos si aceia n-au bantuiala, iar noi, pentru putina cinste sau bine strain sa fim cuiu in ochiul lumii? Stiu ca Inaltatul Imparat sila nimanui nu face. Ci trebuie atunci cand nime nu face sila nici Sfintia Ta sa nu silesti ca pentru oarece sa te faci pilda. Adu-ti aminte de ai cetit Sinaxariul Sfintilor, cate bogatii, cata cinste li sa fagaduia si sta pana in varsare de sange. Adu-ti aminte ce ai fagaduit in mijlocul Mitropoliei Bucurestilor si socoteste insuti ce-ti va veni de la patru patriarhi si de la toate bisericele ce-s reschirate de legea greceasca in lume: ca de la toate iti vor veni blastam si afurisanie. Si sa nu socotesti ca vei trai ani multi de vei indrazni a rupe vreo pecete a legaturii. Aduti aminte, ca cu greu este a cadea in mana viului Dumnezeu. Nu te intari ca sa iai slava lumeasca! Nu socotesti izbanda vrajmasilor? In scurt, adu-ti aminte de patimile sfintilor si te indestuleste. Lesne este a strica, ci nevoie si greu este a drege in urma. De poftesti cinste, stai inarmat si vei vedea ca o vei dobandi de la Dumnezeu. Cinstea omeneasca este scurta si cu grija si mai ales ca a Sfintiei Tale va sa fie cu ponos de toata lumea. Pacatelor straine nu fi partas. Nu cauta inceputul, ci sa cauti ce-I va fi savarsitul si nu peste 20 sau 30 de ani, ci si peste 100 tot Sfintia Ta vei fi ocarat. Las' ca mirenii nici unul nu pofteste, macar de-i va tarcalui Imparatul. Si apoi socoteste ca mai multi-s mireni decat popi. Ce va fi alta porunca a Inaltiei Sale: sa slujim cu trupurile, lut ne vom face supt talpele si supt biruinta Inaltii Sale. Iara legea, au rea avem, au buna, nimica nu vom misca, nici avem a primi mai mult - pana nu va fi cu voia si a tuturor mirenilor, nu numai a popilor. Iar de primesti Sfintia Ta si popii, numai voi sa fiti, iar noi nu vom fi".
Lupta pentru putere
Dupa moartea primului episcop greco-catolic, Atanasie Anghel, timp de zece ani greco-catolicii nu au putut cadea de acord asupra alegerii unui nou episcop. Initial a fost ales cehul Wenceslaw Frantz - insa preotul Ioan Giurgiu Patachi a declansat o ampla campanie pentru incepartarea acestuia - beneficiind de sprijinul contelui Kornis si al vicecancelarului Kaszoni. Alegerea lui Frantz a fost invalidata pana la urma la sfarsitul anului 1713. Pe 16 aprilie 1714 s-a reunit un nou sinod al greco-catolicilor - care a insistat tot pentru Wenceslaw Frantz. Tot atunci au fost exclusi doi protopopi care au cutezat sa ceara revenirea la ortodoxie - protopopii Vasile si Petru din Daia. Nici al doilea sinod nu a multumit pe Ioan Giurgiu Patachi care se visa episcop - asa ca si, acesta a fost invalidat. Contele Kornis, guvernatorul Transilvaniei insista pentru un nou sinod si in ciuda tuturor protestelor protopopilor romani, acesta este organizat pe 24 noiembrie 1714. Patachi avea in sinod un singur sustinator: pe protopopul Ionascu din Fagaras care prin amenintari adunase trei voturi pentru favoritul contelui Kornis. Cel de-al treilea sinod l-a ales tot pe Wenceslaw Frantz episcop, iar protopopii romani au inaintat Curtii Imperiale de la Viena mai multe proteste in care au aratat ca nu mai au de gand sa tina alte sinoade. Contele Kornis convoaca insa un al patrulea sinod pe 9 ianuarie 1715 la Sibiu, incalcand orice regula, unde Ioan Giurgiu Patachi este ales episcop de protopopul Ionascu si cei trei preoti siliti de acesta sa voteze conform dorintei guvernatorului Transilvaniei. Pe 18 ianuarie 1715, Wenceslaw Frantz renunta la scaunul episcopal. Insa recunoasterea de catre Papa a alegerii frauduloase a lui Patachi avea sa dureze sase ani de zile, pana in 15 iunie 1721, cand papa Inocentiu al XIII-lea a publicat bula papala "Ratione congruit" care decreteaza infiintarea episcopiei unite de Fagaras pentru romanii din tot Ardealul. Practic, vechea Mitropolie ortodoxa de la Alba Iulia, era coborata la rangul de episcopie si mutata la Fagaras. La Alba Iuliea a fost infiintata o episcopie romano-catolica, iar vechiul sediu al Mitropoliei Ortodoxe, alaturi de biserica construita de Mihai Viteazul au fost daramate.
Hotie si inselaciune
Ramas fara un scaun episcopal, Ioan Giurgiu Patachi a fost cadorisit de Curtea de la Viena cu ceva ce nu ii apartinea: biserica Sfantul Nicolae din Fagaras, construita de voievodul Constantin Brancoveanu. Biserica a fost construita in cursul anului 1697, iar in 1699 voievodul de la Bucuresti ceda suma de 250 de taleri din veniturile vamii de la Rucar "ca sa fie preotilor de hrana si de imbracaminte". Dania lui Brancoveanu era conditionata "pana vor tine legea pravoslavnica, iar de care cumva ar schimba legea si n-ar mai fi intru Rasaritului biserica si credinta sa fie lipsiti de aceasta mila ce am facut".
Episcopul Patachi a tinut sa fie instalat cu cat mai mare fast la Fagaras si a solicitat in acest scop sprijinul austriecilor. Capitanul cetatii Fagaras a dat o porunca inaintea venirii episcopului in care cerea ca toti romanii sa-l intampine pe acesta cu alai la Sambata de Jos, cei care lipseau la aceasta intampinare urmand sa fie amendati cu 12 florini. Romanii din Fagaras si preotii lor l-au asteptat pe Patachi in oras pe 16 septembrie 1723, nesocotind ordinul militar. Popa Toma, parohul bisericii Sfantul Nicolae din Fagaras i-a permis lui Patachi sa intre in biserica. Aici episcopul greco-catolic a pus pe protopopul Ionascu sa citeasca bulele papale de numire a lui ca episcop si de infiintare a episcopiei de Fagaras. Protopopul brasovean Radu Tempea mentioneaza in cronica sa ca fagarasenii "vazand cum s-au inselat de i-au iesit inainte si l-au primit in biserica nu stiau ce vor raspunde si tacura". Prin citirea bulelor papale Patachi considera ca ctitoria brancoveneasca a trecut in stapanirea sa. Insa popa Toma a refuzat sa treaca la greco-catolici in ciuda tuturor presiunilor si a continuat sa tina zilnic slujba dupa ritul ortodox. Patachi s-a folosit de legaturile sale cu autoritatile austriece si a obtinut un edict care ii interzicea lui popa Toma sa mai slujeasca sub amenintarea inchisorii.
Patachi s-a folosit si de trupele austriece cantonate in Fagaras sub comanda colonelului Moosburg, care i-a pus la dispozitie un pluton de infanteristi cu ajutorul carora noul episcop a ocupat biserica Sfantul Nicolae. Biserica fiind sub paza militara, oamenii lui Patachi au pus mana pe toate odoarele cu care aceasta fusese inzestrata de Brancoveanu. Epitropul bisericii, Vasilache Pop impreuna cu popa Toma au protestat pe langa autoritati fata de aceste silnicii, insa au fost luati pe sus si inchisi in temnita cetatii Fagaras. Abia in urma interventiilor pe langa contele Konigsegg, comandantul general al trupelor austriece din Transilvania, cei doi romani inchisi pe nedrept au fost eliberati.
Dreptatea cu capul spart
Episcopul Patachi a instalat in biserica Sfantul Nicolae un preot unit - insa romanii de aici au refuzat sa mearga la slujbe, iar militarii austrieci au refuzat sa-I aduca pe romani cu de-a sila in biserica furata de Patachi. Romanii din Fagaras au transformat o casa particulara in biserica, unde popa Toma a continuat sa slujeasca. Afland de aceasta, episcopul Patachi a intervenit din nou pe langa autoritati obtinand o alta interdictie. Noul episcop a incuiat ambele cimitire ale romanilor din Fagaras astfel ca acestia au fost siliti sa-si ingroape mortii in curtile caselor. Exasperati, fagarasenii au inaintat o plangere catre Curtea Imperiala de la Viena in care aratau ca biserica din Fagaras a fost ridicata de Constantin Brancoveanu si inzestrata pe cheltuiala comunitatii si s-au bucurat de biserica lor pana cand episcopul Patachi a ocupat-o cu forta si i-a fortat pe preoti si epitropi sa-i predea odoarele bisericesti. Fagarasenii cereau sa fie respectata prima diploma leopoldina care le dadea libertatea sa-si aleaga religia. In urma acestei interventii din 12 aprilie 1724 s-a constituit abia in septembrie acelasi an o comisie care sa cerceteze problema, sub conducerea tricesimatorului Ioan Nagy de Csatar. Raportul inaintat de acesta Camerei Aulice a Transilvaniei pe 16 septembrie da dreptate romanilor din Fagaras. Baronul Viechter, guvernatorul Transilvaniei, a cerut lui Patachi sa inapoieze romanilor biserica si sa nu-i mai supuna presiunilor pentru a-i converti. Episcopul Patachi s-a indreptat catre Curtea de la Viena care a anulat decizia baronului Viechter pe 26 iunie 1725, in ciuda tuturor dovezilor care aratau ca biserica apartinea romanilor.